虽然在我们遇到的口腔溃疡中，绝大多数属于复发性口腔溃疡，但在少数情况下，口腔溃疡也可能是较为严重的疾病表现出的一个症状，如口腔鳞癌、盘状红斑狼疮、多形红斑、白塞病、克隆氏病等。有时，它还可能是全身疾病的一种反映，如患糖尿病、胃病、血液病、结核病等。因此，了解鉴别口腔溃疡的方法非常重要。
1.发作频繁和持续时间
良性口腔溃疡一般1—2周即可愈合。若历时较长，超过两个月仍未痊愈，或发作频繁，一个月超过两次，都需要尽快去医院就诊查明病因。
2.形态和数量
形态较规则，圆、椭圆或呈线条形，边缘整齐、清楚，与周围组织分界清晰，凹陷的基底部较平滑，摸上去柔软，且疼痛明显，多为良性。恶性的形态多不规则，边界不清，边缘隆起呈凹凸不平状，溃疡底部不平，呈颗粒状，摸起来感觉有些硬，不同于其他部位，而且溃疡不疼或不太疼。
3.全身情况
良性口腔溃疡全身症状较少，颈部淋巴结不肿大，或略肿但不硬、不粘连。恶性口腔溃疡则相反，会表现出相应颌面部肿大、淋巴结粘连。
4.口腔溃疡对药物的敏感程度
良性口腔溃疡正确使用药物效果明显，能加速愈合，恶性的则不明显。此外，有些人没有找到准确病因就擅自用药，结果溃疡不但没有好转，还越来越重。应该提醒的是，若良性口腔溃疡用药8次后，仍疼痛不止，溃疡不消，说明该药无效，应尽快去医院检查，并在医生指导下换药。
