原发性阿米巴脑膜脑炎的病原体为耐格里属中嗜热的致病性虫株。现已发现耐格里属有七个虫株，即Naegleria fowleri，N.andersoni，N.australiensis，N.gruberi，N.jadini，N.jamiesoni及N.lovaniensis。目前证实感染人体中枢神经系统引起原发性阿米巴脑膜脑炎只有福氏耐格里阿米巴(N.fowleri)。该原虫生活史有三个阶段：滋养体、鞭毛体和包囊(图1)。滋养体直径约为10～30μm，有特征性具环晕的大核仁，虫体一端有单一圆形或钝性的伪足，而另一端形成指状的伪尾巴，运动快速而无定向。当滋养体在不适环境中或置于蒸馏水中，可形成临时性的鞭毛体，一般具有一对或多根鞭毛，直径为10～15μm，长圆形或梨形，泳动快，为非摄食阶段，可在24h内变回到滋养体，但不直接形成包囊。滋养体是嗜热性的，能在40～45℃温度下正常生长，并以有丝分裂的方式迅速增生，以摄入细菌或其他有机物为食，为其生活史中的致病阶段。当滋养体处于逆境时，可形成抗性很强的包囊，包囊为圆形，直径为10μm，囊壁光滑有2～3个孔，核与滋养体核相似。
耐格里原虫首先进入人体鼻腔，通过嗅神经上皮的支持细胞，以吞噬方式摄入，然后沿着无髓鞘的嗅神经终丝轴系膜空间，穿过筛板后，到达含有脑脊液的亚蛛网膜空间进行增生，并由此扩散而入侵中枢神经系统，形成出血性坏死和脓肿等组织病理学特征。原虫可进入脑室系统到达脉络膜的神经丛引起脉络膜神经炎与急性室管膜炎。原发性阿米巴脑膜脑炎的组织病理学特征为大脑半球及小脑呈现严重水肿；小脑扁桃体突出与充血；嗅球嗅泡明显坏死、出血，有中等数量的脓性渗出液；眼眶前部皮质也出现坏死、出血、脓肿；第三、四、六脑神经瘫痪。在血管间隙、嗅神经的无髓鞘轴突神经丛处和脓性渗出物均可发现滋养体，但无包囊。
原发性阿米巴脑膜脑炎的并发症有鼻窦炎和额窦炎。一个或多个鼻窦发生炎症称为鼻窦炎，鼻窦炎可分为急性、慢性鼻窦炎2种。累及的鼻窦包括上颌窦、筛窦、额窦和蝶窦，这是一种在人群中发病率较高的疾病，影响患者生活质量。急性鼻窦炎多由上呼吸道感染引起，细菌与病毒感染可同时并发。慢性鼻窦炎较急性者多见，常为多个鼻窦同时受累。
原发性阿米巴脑膜脑炎潜伏期较短，一般仅3～5天，最多7～15天。早期会出现味觉和嗅觉异常，此为病原体侵入的反应。常以剧烈头痛、高热、喷射性呕吐等症状开始，继则出现全身性或局限性癫痫发作，并有明显的脑膜刺激症状，如颈项强直、凯尔尼格征及布鲁津斯基征阳性等。多数在数天内转入谵妄、瘫痪及昏迷。由于本病为一种暴发性和致命性的脑膜脑炎，患者体内几乎来不及引起保护性的细胞和体液免疫反应。因此，常在1周内因严重脑水肿，导致呼吸、循环中枢衰竭而死亡。
原发性阿米巴脑膜脑炎尚无疫苗避免在不流动的湖塘水或温热水中游泳，尽量做到不要潜入水中，或避免让水溅入鼻腔内近来认为对游泳池和旋转池等水体使用氯气进行全面消毒是有效的据澳大利亚国际健康与医疗研究委员会建议在游泳池内使用氯气的标准量是当水温低于26℃时，氯气浓度为1mg/L；高于26℃时，至少2mg/L；高于28℃时，应达到3mg/L
血中白细胞总数增高，以中性粒细胞为主，核左移，脑脊液呈脓性或血性，白细胞数平均可达2780×106/L，培养无菌，但可查到福氏耐格里阿米巴，原发性阿米巴脑膜脑炎的临床检查手段具体如下：
1、直接涂片法
将脑脊液自然沉淀后，取沉淀物涂片镜检，仔细观察伪足运动情况加以判断，或固定染色后观察核的形态特点加以判断；
2、培养法
将脑脊液接种于1.5％非营养琼脂上铺一层产气肠杆菌或大肠杆菌的培养基中，于37℃培养3～5天观察结果；
3、动物接种法
将脑脊液接种到小鼠脑中，待症状发生后剖验小鼠脑组织，检查有无本虫存在，目前尚无适用的免疫诊断技术。
4、CT检查
脑部显示有弥漫性密度增高区域，并累及灰质，脑部及脑脚间处的脑池间隙闭塞，大脑半球上部环绕中脑和蛛网膜空间的亚显微结构均消失。
注意平时吃一些清淡的食物，注意养成良好的饮食习惯。多食新鲜的水果和蔬菜，以保证维生素的摄入量，同时忌吃燥热、辛辣刺激的食物。
原发性阿米巴脑膜脑炎病死率极高，早期诊断与及时治疗十分必要。目前尚无肯定有效药物，据国外有一成功的报道，静脉滴注与鞘内注射高剂量的两性霉素B(amphotericinB)和咪康唑(miconazole)联合使用可能有效，具体方法是患者被确诊后立即应用两性霉素B1.5mg/(kg·d)，分2次静脉缓慢滴注(每次不少于1h)，3天后改为1mg/(kg·d)，共用6天；必要时可同时鞘内注射，0.5mg/次。由于两性霉素B毒性较大、不良反应较多，必须十分谨慎使用，在治疗过程中应检测血清肌酸酐及尿素氮，防止出现肾功能损害。咪康唑剂量为350mg/m2体表面积，等分3次静脉滴注，共9天。口服利福平或静脉滴注磺胺异恶唑(sulfisoxazole，SIZ)可增加疗效。一般抗阿米巴药物无效。本病起病急骤，发展迅速，预后极差。