流感嗜血杆菌根据不同的生化反应可分为6个生物型：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ。致病者多为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型。根据荚膜多糖抗原性不同，可将有荚膜菌分为a、b、c、d、e和f6个血清型。b型致病力最强，其次为e和f。根据细菌外膜蛋白(OMP)又可分为不同的亚型。有荚膜者致病力大于无荚膜者。
已知荚膜类的乙型流感嗜血杆菌（或是b型流感嗜血杆菌，简称HiB）是毒性的主因之一，但感染流感嗜血杆菌的病因却仍未完全清楚。它们的荚膜能帮助它们抵抗在没有免疫的寄主体内的吞噬作用及不触发补体介导的裂解。没有荚膜的菌株则较少侵略性，但它们能诱发炎症而产生其他病症，如会厌炎。
无荚膜菌多引起继发性感染，可继发于流行性感冒、麻疹、百日咳、支气管炎的患者。感染后可产生抗荚膜特异性抗体而获得保护性免疫力。
流感嗜血杆菌还可引起其他化脓性感染。
1、阑尾炎
阑尾炎(Appendicitis)是指阑尾由于多种因素而形成的炎性改变。它是一种常见病，其预后取决于是否及时的诊断和治疗。
2、胆道感染
胆道感染临床常见，按发病部位分为胆囊炎和胆管炎。按发病急缓和病程经过分为急性、亚急性和慢性炎症。
3、化脓性关节炎
化脓性细菌引起的关节内感染，称为化脓性关节炎，儿童较多见，常为败血症的并发症，也可因手术感染，关节外伤性感染、关节火器伤等所致。
4、骨髓炎
骨髓炎为一种骨的感染和破坏，由需氧或厌氧菌，分枝杆菌及真菌引起。骨髓炎好发于椎骨；糖尿病患者的足部或由于外伤或手术引起的穿透性骨损伤部位，儿童最常见部位为血供良好的长骨；如胫骨或股骨的干骺端。骨髓炎根据病情发展可为急性和慢性两类。从急性骨髓炎到慢性炎是一个逐渐发展的变化的过程，不能机械地按时间划分。
5、附睾炎
附睾炎是男性生殖系统非特异性感染中的常见疾病，多见于中青年。当各种原因导致自身抵抗力降低时，病原菌可以趁机侵入附睾引发炎症。表现为阴囊部位突然性疼痛，附睾肿胀，触痛明显，可伴有发热，附睾硬结等。
6、乳突炎
乳突炎是乳突气房粘膜及骨质的急性化脓性炎症，多由急性化脓性中耳炎发展而来。
流感嗜血杆菌感染不同部位后引发不同疾病，临床表现分别如下。
1、肺炎
成年患者多为已有慢性呼吸系统疾患者，表现为支气管肺炎、节段性肺炎，甚至大叶性肺炎。半数胸膜受累，但发生脓胸者少见。80％为有荚膜的b型菌引起，但亦有部分患者为无荚膜菌引起。预后取决于患者原来的健康状况，病死率可达30％以上。
2、脑膜炎
婴幼儿的化脓性脑膜炎60％以上由本菌引起，从50年代到80年代5岁以下小儿发病率上升了6倍，过去成年人发病率低，约为1％～3％，但近年来发病率亦在上升，有报道已达20％。成年人多有原发病灶，如鼻旁窦炎、肺炎、会厌炎等，特别易发生于头部创伤或有脑脊液漏者，致病菌多为b型菌。临床表现，脑脊液检查均与其他化脓性脑膜炎相似，病死率成人为10％～20％。
3、会厌炎
患者多为身体健康而较年轻者，发热、咽痛，由于局部严重肿胀可导致呼吸道堵塞，为本病死亡的主要原因。
流感嗜血杆菌感染的预防主要措施为实施主动免疫的疫苗接种最初用单纯b型菌的荚膜聚核糖磷酸盐(PRP)做疫苗，免疫效果不理想后试用了多种结合疫苗，即PRP与白喉类毒素，或破伤风类毒素，或百日咳、脑膜炎奈瑟菌B群的外膜蛋白等组成结合疫苗，明显地提高了免疫效果，保护率提高到80％～90％
实验室检查最重要的是病原学检查。尽快进行血尿、脓痰及脊液等标本的细菌培养，同时做脓、痰、脑脊液的涂片细菌检查，用ELISA检查血清中的特异性IgM抗体，用反向血凝查细菌的抗原即可诊断。具体检查项目包括：
一、血象
血白细胞轻症者可在正常范围，重症者则可增高达10×109/L以上，中性可占80％以上。
二、脑脊液检查
与其他化脓菌引起者相似，蛋白增多、糖和氯化物减少，白细胞增多达1000×106/L以上，多核细胞占多数。
三、病原学检查
1、涂片直接检查
肺炎患者的痰，脑膜炎患者的脑脊液，化脓性感染病灶处脓性分泌物，均可做涂片染色检查，如发现革兰阴性短杆菌有助于诊断。
2、细菌培养
脑脊液和尿培养出细菌可为确诊依据，咽培养和痰培养则不能除外为带菌所致，须结合临床及其他检查综合考虑，既往采用的巧克力培养基尚不够敏感，可用玻片凝集试验和荚膜膨胀试验确定细菌的型别。
流感嗜血杆菌患者饮食要清淡又营养。严重患者可进食流食半流食。忌辛辣油腻食物：在膳食中不应加入辣椒、胡椒、芥末、川椒等调味品。以下推荐6则对患者有益的食疗方：
1、柚子肉5瓣，白菜干60克，北芪15克，猪瘦肉250克，诸药共煲汤服食，每日1剂，分两次服。可益气养阴，润肺化痰。
2、百合50克，薏米200克，加水5碗，煎成3碗，分3次服，每日1剂。
3、核桃仁、冰糖各30克，梨150克，共绞碎，加水煮服。每次1匙，每日3次。
4、杏仁10克(去皮尖打碎)，鸭梨1至2个，冰糖适量。先将鸭梨切块去核，与杏仁同煮，梨熟加入冰糖，代茶饮用。
5、党参10克，大枣15克(去核)，糯米150克，加适量水共煮粥，用白糖调味服用。
6、杏仁10克，去皮尖，水研滤汁，大米30克，加水共煮粥服用。
流感嗜血杆菌感染的治疗原则首先根据患者的不同疾病给予相应的对症处理。例如肺炎患者的祛痰镇咳，脑膜炎患者的脱水降颅压及防治脑水肿等。
抗感染既往主要应用氨苄西林和青霉素，近年来耐药菌株明显增多而改用敏感性尚高的氯霉素、氟喹诺酮类药、第三代头孢菌素、红霉素(包括罗红霉素和阿奇霉素)等。剂量和疗程依据病情轻重而定，轻症者可口服用药，重症者则应静脉给药。对脑膜炎患者则应选用能透过血-脑屏障，在脑脊液中能达到有效治疗浓度的药物，如氯霉素、头孢噻肟、头孢曲松等。由于细菌的耐药情况不断地变化着，故应依据当地的药敏情况选用药物，待患者的细菌药敏结果出来后予以调整。
由于本菌多感染婴幼儿和免疫功能低下的成年人，故严重感染者均有一定的病死率，如肺炎和脑膜炎的病死率在10％～30％。预后的好坏和患者原来的健康状况有关。