肺炎衣原体感染之病原体为肺炎衣原体。1965年Grayston首次在一中国台湾儿童之结膜分泌物中，分离出一株与其他衣原体不同的衣原体，当时命名为TW（Taiwan）-183。1983年又在美国西雅图1名急性呼吸道感染的大学生咽部分泌物中，分离出另一株衣原体而命名为AR-39（acuterespiratory-39），后经研究鉴定，发现此两株实为同一种衣原体，其包涵体形态与鹦鹉热衣原体类似，但其网状体超微结构、单克隆抗体反应及DNA同源性均有别于沙眼及鹦鹉热衣原体，1989年正式命名为TWAR，又称肺炎衣原体，为衣原体属中之第三种衣原体。
肺炎衣原体的形态与另两种衣原体有不同，但近似鹦鹉热衣原体，包涵体为致密卵圆形，不含糖原碘染色阴性。电镜下原体典型为梨形，亦可呈多形性，平均直径380nm，周围原浆区较大；始体为球形，平均直径510nm。
肺炎衣原体的主要外膜蛋白（MOMP）为主要结构蛋白，其最重要的是热休克蛋白（HSP），是其重要的致病物质，尤其与血管内膜损伤及动脉粥样硬化的形成密切相关。目前所知有两个血清型。
组织培养较其他衣原体困难，可用Hela细胞、229细胞、HEP-2（人喉癌）细胞、McCoy细胞及MTED（人气管上皮）细胞培养，其中HEP-2细胞最敏感。
鉴于本病病原体发现时间不长，发病机制尚不清。肺炎衣原体侵入人体后，主要引起单核巨噬细胞反应，肺泡巨噬细胞作为病原体贮存和传播的载体，造成其在宿主体内的持续感染。在非人哺乳动物如小鼠及猴的实验动物研究中发现，感染后多无症状，大部分在2个月后出现肺部病变，主要表现为间质性肺炎，早期局部有多核细胞浸润，以后则为巨噬细胞和淋巴细胞浸润。可从肺部及脾脏分离出肺炎衣原体。其感染多为慢性，故与许多慢性感染有关，如冠心病、动脉粥样硬化、慢性阻塞性肺病（COPD）、支气管喘息、结节病及反应性关节炎等。
肺炎衣原体感染可并发上额窦炎、心内膜炎、心肌炎、脑膜炎等。患有支气管炎、支气管哮喘，原有支气管哮喘的患者感染肺炎衣原体后，可加重病情，还可引起咽炎、鼻窦炎及中耳炎，此多与肺炎及支气管炎同时存在病变一般均较轻，但即使应用抗生素治疗病情恢复较慢，咳嗽及全身不适等症状可持续数星期至数月。病情严重者可因原基础疾病加重或因发生并发症如细菌感染而死亡。
肺炎衣原体感染患者的症状根据其感染部位不同，症状也不尽相同，具体如下：
1、急性呼吸系感染
急性呼吸系感染是其主要表现，如咽炎、喉炎、鼻窦炎中耳炎、支气管炎及肺炎，以肺炎最常见，支气管炎次之。老年以肺炎多见，20岁以下的青少年，则多为支气管炎及上呼吸道感染。常以发热、全身不适、咽痛及声音嘶哑起病，数日后出现咳嗽，此时体温多已正常。亦可引起支气管炎、支气管哮喘，原有支气管哮喘的患者感染肺炎衣原体后，可加重病情。病情严重者可因原基础疾病加重或因发生并发症如细菌感染而死亡。
2、伤寒型
少数患者表现为高热、头痛、相对缓脉及肝脾大，易并发心肌炎、心内膜炎和脑膜炎，重症患者出现昏迷及急性肾功能衰竭，表现类似重型伤寒
3、其他
本病可引起虹膜炎、肝炎、心内膜炎、脑膜炎及结节性红斑等。是艾滋病、恶性肿瘤或白血病等疾病发生继发感染的重要原因。近年来发现，肺炎衣原体感染在COPD中常见。且发现COPD患者肺炎衣原体特异性抗体阳性率明显高于健康人群。尤其是>50岁的COPD患者4％以上的急性发作与肺炎衣原体感染有关。
肺炎衣原体感染的预防包括讲究卫生级合理应用抗生素，具体如下：
1、讲究集体和个人卫生，应强化对环境公共卫生的管理和监督
2、合理地服用奏效的抗生素，务期尽快地达到根治，以防病程迁延，转为慢性或长期带菌
3、目前尚无疫苗肺炎衣原体感染大多无症状或轻微，隐性感染高达90％，无需住院治疗年大体弱多病者偶见死亡病历注意日常的增强体质
肺炎衣原体感染应该做血象、病原学检查及免疫学检查等，具体如下。
一、血象
患者血白细胞计数多正常，重症患者可升高，血沉多增快。
二、病原学检查
病原学检查是确诊本病的可靠方法，临床诊断不常用。
1、直接涂片：涂片后用Giemsa或免疫荧光单克隆抗体染色，检测肺炎衣原体包涵体及原体，方法简便，但阳性率低。
2、组织培养法：鸡胚卵黄囊接种因检出阳性率低已少用，可用细胞培养法，取咽拭子或采集下呼吸道标本，用HEP-2细胞（喉癌细胞）或Hela229细胞培养24h，再用肺炎衣原体特异性单克隆抗体染色，检测特异性包涵体，方法较繁杂，且较其他衣原体检出率低。
三、免疫学检查
1、直接免疫荧光法：用肺炎衣原体单克隆抗体染色，直接免疫荧光法检测肺炎衣原体抗原，方法特异敏感且快速简便。
2、微量免疫荧光（MIF）法：检测肺炎衣原体抗体，特异性IgM滴度≥1∶16和（或）IgG≥l∶512或双份血清滴度4倍以上升高者，均可诊断急性感染，如IgM≤1∶16或IgG≤1∶512，则为既往感染，本方法特异性敏感性均较高，且可用于区分原发感染和再感染，是目前最常用且最敏感的血清学方法，但要排除血循环中类风湿因子的影响。
3、补体结合抗体检测：滴度≥l∶64和（或）双份血清滴度4倍以上升高者，均可诊断急性感染，但不能用于早期诊断，亦不能区分为哪种衣原体感染。
四、PCR法
检测肺炎衣原体DNA，敏感性更高，且可和其他种衣原体区分，其特异性敏感性高于其他方法，据统计，PCR法检出率为50％～55％，而直接免疫荧光法及涂片法分别为24％～27％和6％～10％，用连接聚合酶链反应（LCR）检测，可进一步提高灵敏性及检出率，但尚未在临床应用，据报告，PCR-EIA法是一种快速，简便的酶免疫测定法，能提高PCR对肺炎衣原体DNA的扩增检测效率，优于PCR法，更优于培养法。
五、肺部X线检查
肺部X线检查呈非典型肺炎表现，常为单侧阶段性肺炎表现，严重者病变广泛甚至波及双肺，可伴有胸膜炎或胸腔积液。
肺炎衣原体感染患者可多吃一些流食、清淡（如稀饭、米粥、烧青菜）的食物，平时还要多喝水或果汁（果汁要加水），还可以做点瘦肉粥、鱼肉粥之类的。
肺炎衣原体感染的病原治疗同另两种衣原体感染，对四环素类、红霉素及氟喹诺酮类药物均极敏感，对磺胺耐药，故常用四环素或红霉素，2g/d，分4次口服。亦可用多西环素（doxycyc1ine）0.1g/次，2次/d，疗程>3周。孕妇、哺乳期妇女及儿童禁用四环素和喹诺酮类药物。儿童（包括婴幼儿）可用克拉霉素（克拉红霉素），有较好的疗效。部分病例停药后可复发，尤其是用红霉素治疗者，再用四环素或多西环素治疗仍有效。近年来发现新型大环内酯类抗生素的阿奇霉素，在体外药敏试验对肺炎衣原体呈高敏反应，易进入细胞内，细胞内浓度是血浓度的200％，半衰期长，成人1g/次，1次/d，顿服，具高效和低胃肠道反应的优点。有报告认为阿奇霉素联合利福平是本病最佳治疗方法。另经多中心临床试验证实，对3～12岁儿童用克林霉素15mg/（kg·d）、红霉素50mg/（kg·d）或阿奇霉素10mg/（kg·d）均有效。