衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
1、性传播
性传播是衣原体感染最为常见的原因，在性生活中如果不注意卫生，或者性伙伴过多，又或者性生活过于频繁，是很容易造成衣原体感染的，而且还很有可能感染其它疾病，所以一定要保证性生活健康，禁止存在多个性伙伴。
2、间接传播
衣原体感染的间接传播途径也非常的多，与患者公用毛巾、衣物等私人物品，或者使用患者使用过的器械，或者与患者共用一个游泳池等，这些情况都有可能导致衣原体感染。所以女性朋友一定要注意私人物品不要共用，尽量不要与衣原体感染的患者接触，这样才能减少被感染的机会。
3、分娩
生育分娩是女性衣原体感染的重要原因之一，孕妇在分娩的时候容易患有沙眼衣原体生殖道感染，新生婴儿通过阴道分娩可能会感染沙眼衣原体导致婴儿很有可能会患有结膜炎和衣原体肺炎。沙眼衣原体女性生殖感染临床最常见的就是宫颈内膜炎。
虽然男性较少会因为感染衣原体而出现并发症，但如果不加治理，病菌可能会令睾丸发炎疼痛，因而导致不育，若女性染有衣原体而处理不善，病菌可令盘腔发炎，引致不育，病菌又可以由孕妇传染给胎儿，令胎儿的眼睛或肺部受到感染，男女患有衣原体可引致眼睛炎、关节炎及尿道发炎综合症。
1、易并发附睾炎，表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分衣原体尿道炎患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体。
2、累及睾丸可出现睾丸炎，衣原体尿道炎患者表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗。
3、衣原体尿道炎患者累及前列腺时可出现后尿道、会阴及肛门部位钝痛或触痛，可有性功能障碍，直肠镜检可触及有压痛的前列腺。如前列腺明显肿大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等。
4、衣原体尿道炎还可以合并Reiter综合征，即关节炎、结膜炎、尿道炎三联症。
衣原体感染的症状有很多，一般根据衣原体感染的以泌尿系衣原体感染为例，衣原体感染的症状不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。女性衣原体感染的症状比男性要多，其主要感染部位为宫颈，其后遗症多导致不孕症。
一、女性感染衣原体的症状
1、女性感染衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害，应及时使用欧沁斯治疗。
2、女性衣原体感染的主要感染部位为宫颈，由此可垂直感染给新生儿，引起婴儿眼结膜炎、鼻炎、中耳炎、肺炎及阴道炎等，不及时治疗也可导致不孕症。
3、可出现无症状感染(缺乏症状反应)，即缺乏自觉症状，临床表现为阴道有脓样分泌物，亦可为粘液或浆液性。分泌物量较多(为中等量)，稍有臭味。阴道粘膜为正常颜色，但常伴有宫颈糜烂。
4、衣原体性宫颈炎：宫颈炎是女性感染衣原体最容易引发的疾病之一，当伴发宫颈炎时、患者常常出现宫颈发红，有浆液或脓性分泌物增加、阴道内糜烂扩大，易于出血等症状。镜检下阴道分泌物的“阴道清洁度”多为III度以上。沙眼衣原体主要侵犯宫颈的柱状上皮细胞，而磷状上皮细胞常不被侵犯，故阴道，宫颈局部没有改变。衣原体性宫颈炎的主要症状是白带增多，不时出血及小腹部疼痛等一般症状，无特异性表现，多因其性伴患有尿道炎而来院就诊。
5、衣原体性输卵管炎：衣原体性输卵管炎多由宫颈炎并发引起，用腹腔镜直接从输卵管抽吸物标本中，约30％以上可检测出衣原体，病情多数较轻、下腹部可有轻微疼痛，一般体温不高，但血沉稍快。由于这种非典型症状，使病人拖延就医，往往引起子宫附件损害，形成输卵管炎的后遗症，其最主要表现是输卵管性不孕症。
6、部分患者可导致宫外孕、流产、不孕、死胎及新生儿死亡，但也有些病人除不孕外，可无任何症状。
二、男性衣原体阳性症状
出现在约1-3周或数月后，男性衣原体阳性主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或粘液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤，并可见尿道口有“糊口”现象;分泌物少时，于晨起挤压尿道才流出少量粘液。合并膀胱炎时可有血尿;无症状性非淋菌性尿道炎，约30-40％病人症状不典型或根本无症状。约1/3左右的淋球菌尿道炎病人合并沙眼衣原体感染，淋病治愈后又出现尿道炎症状，易误诊为慢性淋病或PPNG菌株感染。
衣原体阳性表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体;累及睾丸可出现睾丸炎，表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗;累及前列腺时可出现后尿道、会阴及肛门部位钝痛或触痛，可有性功能障碍，直肠镜检可触及有压痛的前列腺。如前列腺明显肿大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等;本病还可以合并Reiter综合征，即关节炎，结膜炎，尿道炎三联症。
女性预防支原体感染，可以从以下方面做起：
(1)积极锻炼身体
平日要有计划地锻炼身体，睡眠时室内要保持空气清新，温度适宜自幼应开窗睡眠，至少应间接通风充分利用日光浴、空气浴及水浴增强体质是防病的第一重要因素
(2)讲卫生，避免交叉感染
不到人群密集、通风不良的影剧院、百货公司、超市等处去尽量避免接触患者，有病就近就医，少跑大医院，缩短侯诊时间以往认为呼吸道疾病仅由呼吸传播，近年已证实，接触传染是重要的传播方式应特别提醒注意的是，不要让小儿被动吸烟，被吸烟是增加小儿患呼吸道疾病的重要原因
(3)药物预防
某些中西药物可提高机体细胞及体液免疫功能，最好是在医生指导下用药
(4)注射疫苗
目前有些地方用减毒病毒疫苗，但尚不能普及应用，曾设计疫苗进行预防，但保护率仅50％，抗生素预防也无系统报告
生殖道衣原体感染的诊断需要依靠性接触史、临床表现和化验检查结果。当有典型的尿道炎、宫颈炎症状时，诊断不难。但由于无症状感染多见，化验检查显得十分重要。
通过化验可以确定病因，从而针对病因进行治疗，并有助于对病人的性伴侣做治疗以防止进一步传播;还可发现无症状感染者，有助于消除传染源;在女病人中检查并治疗衣原体感染将能防止异位妊娠或不孕的发生。
1、血常规
周围血白细胞计数一般正常，嗜酸性粒细胞增多。
2、x线检查
衣原体肺炎胸片无特异性，多为单侧下叶浸润，表现为节段性肺炎，严重者呈广泛双侧肺炎。沙眼衣原体肺炎胸片显示双侧广泛间质和肺泡浸润，过度充气征比较常见，偶见大叶实变。
3、直接涂片镜检
取咽分泌物、痰、呼吸道教膜或其他部位标本做涂片，进行GZmesa染色，原体染成红色，始体染成深蓝色。沙眼衣原体包涵体因含有糖原。801染色染成褐色。
4、快速抗原检测
多采用单克隆抗体直接免疫荧光法检测标本中的衣原体，还可应用2I-IsA法加入抗衣原体抗体、酶标抗体18G及底物进行比色定量检测。这两种方法简便敏感。
5、衣原体分离肺炎衣原体培养
最好用Hela细胞或Hep一2细胞，一般取气管或鼻咽吸取物作为临床标本，及时接种。目前衣原体鉴定多采用Hela细胞或Hep一2细胞培养后通过特异性单克隆荧光抗体法(MFA)，该技术敏感性高，特异性强，如能早期采集标本，可在48h内获得阳性结果。
6、血清学检全采用补体结合试验
着恢复期血清抗体效价比急性期血清效价增高 4倍或4倍以上，即有诊断意义，但无早期诊断意义。微量免疫荧光法(MrF)适用于沙眼衣原体。
7、PcR技术
普通PcR技术检测肺炎衣原体特异性DNA，具有快速、简便、特异的优点，敏感性高于细胞分离技术，但在检测咽拭于标本中效果不够理想。用套式PcR(nPcR)检测可显著提高其敏感性。
衣原体感染患者据不同的症状，有不同情况的饮食要求，具体询问医生，针对具体的病症制定不同的饮食标准。
1、可多吃一些流食、清淡(如稀饭、米粥、烧青菜)的食物，平时还要多喝水或果汁(果汁要加水)，还可以吃瘦肉粥、鱼肉粥等。
2、禁酒、不吃辛辣食物，多饮水。
3、保证水分的供给，可多喝酸性果汁如山楂汁、猕猴桃汁、红枣汁、鲜橙汁、西瓜汁等以促进胃液分泌，增进食欲。
4、忌吃糯米，牛肉，狗肉，羊肉，羊髓，鸡肉，鸡蛋，鲫鱼，鳗鱼，杨梅，胡椒，肉桂，炒米，薄荷等等。
衣原体感染的治疗需针对致病体进行药物抗炎治疗，在生物技术的配合下，针对支原体等进行准确深入的药物灭杀，根除病原体。可用四环素、红霉素、复方磺胺甲基异唑、氨苄青霉素等全身治疗。对眼部感染可用利福平、四环素、红霉素眼药水滴眼。首选阿齐霉素250mg每日1次，连服7天，或用强力霉素100mg每日2次，连服7日。复方新诺明亦有效。
另外近年来新开发的对各领域的感染症广泛使用的新药喹诺酮类，在治疗衣原体方面临床效果较好，其中常用的药物有氧氟沙星（OFIX），环丙沙星（CPFX），洛美沙星，利福平治疗效果也较好。