鼠疫杆菌侵入皮肤后，靠荚膜、V/W抗原吞噬细胞吞噬，先有局部繁殖，随后又靠透明质酸及溶纤维素等作用，迅速经有淋巴管至局部淋巴结繁殖，引起原发性淋巴结炎（腺鼠疫）。淋巴结里大量繁殖的病菌及毒素入血，引起全身感染、败血症和严重中毒症状。脾、肝、肺、中枢神经系统等均可受累。病菌播及肺部，发生继发性肺鼠疫。病菌如直接经呼吸道吸入，则病菌先在局部淋巴组织繁殖。继而播及肺部，引起原发性肺鼠疫。
在原发性肺鼠疫基础上，病菌侵入血流，又形成败血症，称继发性败血型鼠疫。少数感染极严重者，病菌迅速直接入血，并在其中繁殖，称原发性败血型鼠疫，病死率极高。
鼠疫基本病变是血管和淋巴管内皮细胞损害及急性出血性、坏死性病变。淋巴结肿常与周围组织融合，形成大小肿块，呈暗红或灰黄色；脾、骨髓有广泛出血；皮肤粘膜有出血点，浆膜腔发生血性积液；心、肝、肾可见出血性炎症。肺鼠疫呈支气管或大叶性肺炎，支气管及肺泡有出血性浆液性渗出以及散在细菌栓塞引起的坏死性结节。
败血症型鼠会并发突然高热或体温不升，神志不清，谵妄或昏迷。皮肤粘膜大面积出血、鼻衄、呕吐、便血或血尿、Dic和心力衰竭，多在发病后24小时内死亡，很少超过3天。病死率高达100％。因皮肤广泛出血、瘀斑、紫绀、坏死，故死后尸体呈紫黑色，俗称“黑死病”。
败血型鼠疫又称暴发型鼠疫。可原发或继发。
原发型鼠疫因免疫功能差，菌量多，毒力强，所以发展极速。常突然高热或体温不升，神志不清，谵妄或昏迷。无淋巴结肿。皮肤粘膜出血、鼻衄、呕吐、便血或血尿、Dic和心力衰竭，多在发病后24小时内死亡，很少超过3天。病死率高达100％。因皮肤广泛出血、瘀斑、紫绀、坏死，故死后尸体呈紫黑色，俗称“黑死病”。
继发性败血型鼠疫，可由肺鼠疫、腺鼠疫发展而来，症状轻重不一。
预防从严格控制传染源做起1．管理患者发现疑似或确诊患者，应立即按紧急疫情上报，同时将患者严密隔离，禁止探视及病人互相往来病人排泄物应彻底消毒，病人死亡应火葬或深埋接触者应检疫9天，对曾接受预防接种者，检疫期应延至12天2．消灭动物传染源 对自然疫源地进行疫情监测，控制鼠间鼠疫广泛开展灭鼠爱国卫生运动旱獭在某些地区是重要传染源，也应大力捕杀
预防从切断传播途径做起1．灭蚤 灭蚤必须彻底，对猫、狗，家畜等也要喷药2．加强交通及国镜检疫对来自疫源地的外国船只、车辆、飞机等均应进行严格的国境卫生检疫，实施灭鼠、灭蚤消毒，对乘客进行隔离留检
预防从保护易感者做起1．预防接种自鼠间开始流行时，对疫区及其周围的居民、进入疫区的工作人员，均应进行预防接种常用为EV无毒株干燥活菌苗，皮肤划痕法接种，即2滴菌液，相距3-4cm2周后可获免疫一般每年接种一次，必要时6个月后再接种一次我国新研制的06173菌苗免疫动物后产生F1抗体较EV株效果高1倍2．个人防护进入疫区的医务人员，必须接种菌苗，两周后方能进入疫区工作时必须着防护服，戴口罩、帽子、手套、眼镜、穿胶鞋及隔离衣接触患者后可服下列一种药物预防，四环素每日2g，分4次服；磺胺嘧啶每日2g，分4次服；或链霉素每日1g，分1～2次肌注，连续6天
败血症型鼠疫的检查包括血象检查、尿检查、大便检查。血象检查可见白细胞总数大多升高，常达20～30×109/L以上。初为淋巴细胞增高，以后中性粒细胞显著增高，红细胞、血红蛋白与血小板减少。尿检查可见尿量减少，有蛋白尿及血尿。大便检查可见肠炎型者呈血性或粘液血便，培养常阳性。
细菌学检查采淋巴结穿刺液、脓、痰、血、脑脊液进行检查。涂片检查用上述材料作涂片或印片，革兰氏染色，可找到G－两端浓染的短杆菌。约50～80％阳性。细菌培养检材接种于普通琼脂或肉汤培养基。血培养在腺鼠疫早期阳性率为70％，晚期可达90％左右。败血症时可达100％阳性。动物接种将标本制成生理盐水乳剂，注射于豚鼠或小白鼠皮下或腹腔内，动物于24～72小时死亡，取其内脏作细菌检查。噬菌体裂解试验 用鼠疫噬菌体加入已检出的可疑细菌中，可看到裂体及溶菌现象。
血清学检查（1）间接血凝 用F1抗原检测患者或动物血清中F1抗体。F1抗体持续1～4年，故常用于流行病学调查及回顾性诊断。（2）荧光抗体染色检查 用荧光标记的特异性抗血清检测可疑标本。特异性、灵敏性较高。（3）其它 酶联免疫吸附试验，放射免疫沉淀试验可测定F1抗体，灵敏性高，适合天大规模流行病学调查。
败血症型鼠疫急性期应给患者流质饮食，并供应充分液体。流质食物是一种食物呈液体状态、在口腔内能融化为液体，比半流质饮食更易于吞咽和消化无刺激性的食物。
流食适用于极度衰弱无力咀嚼食物的重症患者。如高烧，口腔、面颊部及外科手术前后以及急性胃肠炎、食道狭窄等疾病患者。此种膳食只能短期应用，作为过渡期的膳食。因为所供营养素均不足。
可用的食物有：
稠米汤，藕粉，杏仁茶，过萝麦片粥；蒸蛋羹，蛋花汤，肉汤冲鸡蛋，牛奶冲鸡蛋；
各种牛奶及奶制品----奶酪，杏仁豆腐、酸奶、冰淇淋、可可牛奶，牛奶冲藕粉；
豆浆、过萝豆汤；菜水，过萝菜汤，西红柿汁；
鲜果汁，煮果子水，果茶，果冻；
清鸡汤，清肉汤，肝汤等。
凡确诊或疑似鼠疫患者，均应迅速组织严密的隔离，就地治疗，不宜转送。隔离到症状消失、血液、局部分泌物或痰培养（每3日1次）3次阴性，肺鼠疫6次阴性。
一般治疗及护理：1．严格的隔离消毒患者应严格隔离于隔离病院或隔离病区，病区内必须做到无鼠无蚤。入院时对病人做好卫生处理（更衣、灭蚤及消毒）。病区、室内定期进行消毒，病人排泄物和分泌物应用漂白粉或来苏液彻底消毒。工作人员在护理和诊治病人时应穿连衣裤的“五紧”防护服，戴棉花沙布口罩，穿第筒胶鞋，戴薄胶手套及防护眼镜。2．饮食与补液 急性期应给患者流质饮食，并供应充分液体，或予葡萄糖，生理盐水静脉滴注，以利毒素排泄。3．护理 严格遵守隔离制度，做好护理工作，消除病人顾虑，达到安静休息目的。
病原治疗：治疗原则是早期、联合、足量、应用敏感的抗菌药物。1．链霉素 为治疗各型鼠疫特效药。成人首剂量1g，以后每次0.5g，每4小时1次，肌注，1～2天后改为每6小时1次。小儿20～40mg/kg/日，新生儿10～20mg/kg/日，分2～4次肌注。对严重病例应加大剂量，最初二日，每日4g，继以每日2g，分4次肌注。链霉素可与磺胺类或四环素等联合应用，以提高疗效。疗程一般7～10天，甚者用至15天。2．庆大霉素 每日24～32万μ，分次稀释后静脉滴入，持续7～10天。3．四环素对链霉素耐药时可使用。轻症者初二日，每日2～4g，分次口服，以后每日2g；严重者宜静脉滴注，第1次0.75～1g，每日2～3g，病情好转后改为口服。疗程7～10天。4．氯霉素 每日3～4g，分次静脉滴入或口服，退热后减半，疗程5～6天。对小儿及孕妇慎用。5．磺胺嘧啶 首剂5g，4小时后2g，以后每4小时1g，与等量碳酸氢钠同服，用至体温正常3日为止。不能口服者，可静脉注射。磺胺只对腺鼠疫有效，严重病例不宜单独使用。
对症治疗烦躁不安或疼痛者用镇静止痛剂。注意保护心肺功能，有心衰或休克者，及时强心和抗休克治疗；有Dic者采用肝素抗凝疗法；中毒症状严重者可适当使用肾上腺皮质激素。对腺鼠疫淋巴结肿，可用湿热敷或红外线照射，未化脓切勿切开，以免引起全身播散。结膜炎可用0.25％氯霉素滴眼，一日数次。