鳃裂瘘管的形成与以下因素有关：鳃沟与鳃囊间的隔膜破裂；鳃沟闭合不完全；鳃器官上皮残留；鳃器官发育异常；颈窦未闭合。以上一种或几种因素可同时存在。
由于患者的皮肤完整性被破坏，持续有分泌物从瘘管流出，故临床上常并发感染，皮肤完整性被破坏，通常继发于体质低下，或长期使用免疫抑制剂以及有灰指甲等真菌感染的患者，如并发细菌感染可有发热、皮肤肿胀、破溃及脓性分泌物流出等表现。严重病例可导致脓毒血症，故应引起临床医生的注意。
囊肿或瘘管内为复层鳞状上皮，偶见其他上皮成分，上皮层外为结缔组织包膜，术中容易分离，囊腔内含有脱落上皮，粘液及脓液，常有胆固醇结晶。
一、分类
根据鳃裂瘘管的胚胎发育来源不同，可分为以下四种类型：
1、第一鳃裂瘘管
临床上较少见，其外瘘口多位于下颌角的后下方，靠近胸锁乳突肌上端的前缘，舌骨以上平面的颈侧皮肤上，内瘘口位于外耳道的软骨部或耳廓的前方或后方，鼓室及咽鼓管，瘘管在咽鼓管的下面，腭帆张肌的后面，颈动脉或茎突咽肌的前面走行，有的靠近面神经干走行。
2、第二鳃裂瘘管
临床上较常见，外瘘口多位于胸锁乳突肌前缘的中，下1/3交界处，瘘管自外瘘口穿通颈阔肌，沿颈动脉鞘上行，穿过颈内，颈外动脉之间，经舌咽神经，茎突咽肌和舌下神经的浅面，到达扁桃体窝上部，内瘘口位于此处。
3、第三鳃裂瘘管
较少见，外瘘口位于胸锁乳突肌前缘的下部，与第二鳃裂瘘管的外瘘口位置相似，瘘管穿过颈阔肌的深部，穿过颈内动脉的后面，沿迷走神经的浅面上行，跨过舌下神经，止于梨状窝的内瘘口。
4、第四鳃裂瘘管
少见，外瘘口与第二鳃裂瘘管相似，瘘管穿过颈阔肌深部，沿颈动脉鞘下降到胸部，再自锁骨下动脉或主动脉弓下方上升到颈部，止于食管上端的内瘘口。
二、临床表现
1、第一鳃裂瘘管主要表现为耳内流脓，下颌角后下方有包块，压之耳内分泌物增多，继发感染可出现疼痛，发热等症状。
2、第二、三、四鳃裂瘘管在胸锁乳突肌前缘有瘘口，有时瘘口很细，细如针尖或小凹陷，该处常有少许分泌物，病人常觉口内有臭味。
本病病因尚不明确，可能和环境因素、遗传因素、饮食因素以及孕期的情绪、营养等具有一定的相关性故无法针对病因直接预防本病早期发现、早期诊断、早期治疗对间接预防本病具有重要意义，同时也可以减少感染并发症的发生，对于已经出现感染的患者，应尽早使用抗生素治疗
1、临床体格检查：为耳内流脓，下颌角后下方有包块，压之耳内分泌物增多，继发感染可出现疼痛、发热等症状。三、四鳃裂瘘管在胸锁乳突肌前缘有瘘口，有时瘘口很细，细如针尖或小凹陷，该处常有少许分泌物，病人常觉口内有臭味。
2、实验室检查：经瘘口行X线碘油造影，可明确诊断。
鳃裂瘘管饮食清淡，注意膳食平衡。忌烟、酒、咖啡、可可等。忌油腻、煎炒、烧烤、烟熏等热性食物，如羊肉、火腿、熏肉、肥肉等。
一、非手术疗法
可用碘油、三氯醋酸等烧灼瘘管、电灼瘘管以及用盐酸奎宁、25％水杨酸钠冲洗瘘管，这些方法主要用于不适合或暂缓手术治疗病人的临时性处置。
二、手术切除
是根治鳃裂瘘管的方法。其手术方法：
1、切口：在外瘘口周围做梭形切口，切开皮肤、皮下组织及颈阔肌。用组织钳抓住瘘口，沿瘘管的周围向深部分离至颈动脉窦处，再于颈动脉窦处做横切口，将已游离的瘘管下半部分经此切口中拖出。
2、切除瘘管：将胸锁乳突肌向外牵拉，暴露颈动脉三角，再沿瘘口的上半部分向深部分离，直到咽侧壁的扁桃体窝。若为第三、四鳃裂瘘管，应沿瘘管的走行分离至梨状窝或食管上段。切除瘘管，如与咽腔相通，应立即缝合。
3、逐层缝合伤口，并置引流管。