引起巩膜炎的真菌是真核微生物，在空气、土壤和自然界中广泛分布，可分为酵母菌(yeast)、真菌(mold)和二态菌(dimorphic)。最常见引起巩膜炎的是丝状菌(filamentous)，如曲霉菌(aspergillus)、支顶孢菌(acremonium)。另一些形成巩膜感染的是二态丝状菌如申克孢子丝菌、鼻孢子菌等，大多数为腐物寄生菌，在全身或局部创伤以及免疫力低下时则发生机会性感染。危险因素有意外创伤，特别是植物性的和土壤因素的巩膜和角膜外伤，还有眼科手术及全眼球炎、全身细菌及病毒感染、免疫系统异常、慢性消耗性疾病、长期配戴角膜接触镜、静脉吸毒者、慢性疾病长期用药包括糖皮质激素、免疫抑制剂者等。
真菌性巩膜炎最常见的危害是导致前巩膜坏死，引起坏死性前巩膜炎，出现畏光、流泪、咽痛、视力下降以及结膜囊分泌物等。同时容易并发结膜炎、真菌性角膜炎。严重者，因为真菌性角膜炎而导致视力下降，甚至引起失明。混合细菌感染导致眼内容物炎以致眼球萎缩。
真菌性巩膜炎表现为缓慢进展的坏死性前巩膜炎，起病缓慢，主要症状有眼红、畏光、流泪、眼痛、视力下降和结膜囊分泌物。与细菌性巩膜炎比较，刺激症状较轻，病程较长，大部分真菌性巩膜炎患者有疼痛，可局限于眼，也可沿三叉神经分支放射到颞侧头部及额部，易被误诊为偏头痛、鼻窦炎、甚至脑瘤等。病变早期巩膜局限性炎性浸润，色暗红，巩膜病灶及其周围可出现片状无血管区，是坏死性前巩膜炎的关键性体征，应仔细检查。病变可向不同方向发展，可吸收局限，亦可进展成大面积坏死，受累巩膜可坏死变薄。坏死区周围巩膜水肿，表层巩膜血管扩张迂曲、移位，愈合后坏死区巩膜菲薄，呈灰蓝色外观，可暴露葡萄膜，但很少发生葡萄肿，伴有毗邻组织的真菌感染，以角膜炎多见。表现为角膜中央或旁中央孤立或散在的基质内脓肿，白细胞浸润或浅表溃疡，无光泽呈苔垢状。溃疡缘呈羽毛状环形浸润或浅沟，与周围组织境界明显，周围有孤立的圆形点状浸润，称为“卫星灶”。有时溃疡周围有免疫环，50％的真菌性角膜炎患者可形成黏稠的前房积脓。
真菌感染为机会性感染，一般和激素的长期不合理应用，或者抗生素的使用相关，在长期应用抗生素及激素的情况下出现眼部炎症应该想到真菌性感染的可能，并及时处理注意做好眼睛的防护，避免外伤而引起真菌感染眼科手术后注意合理的用药，避免滥用抗生素避免长期佩戴隐形眼镜，以免导致眼睛的抵抗力下降，而容易引起感染
根据病史和临床表现怀疑真菌性巩膜炎应立即进行实验室检查。角膜或巩膜区刮片行革兰染色或姬姆萨染色可显示真菌的形态（有隔膜的菌丝碎片），革兰染色检出率约55％姬姆萨染色检出率约66％。确诊需培养出真菌。培养真菌需时较长，为提高培养的阳性率，同时接种几种不同的培养基。常用的真菌培养基如萨布罗葡萄糖琼脂适合真菌生长，血琼脂培养基适宜多数酵母菌，二态真菌在37℃孵箱中生长，巧克力琼脂、心-脑浸出液（BHI）培养基适宜抗酸真菌生长，Thioglycolate培养基适宜分枝杆菌生长。用2个培养盘，一个在室温下培养，另一个在35℃常规培养真菌。
如果角膜发生匐行性改变，有真菌性角巩膜炎的临床表现，真菌培养和巩膜或角巩膜活检阴性，对广谱抗生素治疗无效，真菌可通过完整的Descemet膜侵入前房，引起前房积脓，角膜尚未穿孔时行前房穿刺，立即用血琼脂或SDA、或BHI室温培养，以确定真菌。但前房穿刺时的创口可能将细菌等微生物接种于前房，必须慎重。
真菌性巩膜炎患者应多吃清淡的食物，不要吃过于油腻的食物。注意多吃生菜、胡萝卜与西红柿等蔬菜。还应多吃水果，特别要吃柑桔类水果、葡萄、柠檬、香蕉、杏子。
真菌性巩膜炎治疗之前必须明确诊断。在缺乏实验室证据，没有分离出真菌，最好延迟或不进行抗真菌治疗因为一些少见的微生物如放线菌、阿米巴、厌氧菌都可引起巩膜炎或角巩膜炎。
临床上理想的抗真菌药应当无毒、广谱及易透入眼组织。抗真菌药物需长期的局部点眼、结膜下注射口服和静脉滴注。由于缺乏特效的抗真菌药物和药物穿透眼组织较少限制了抗真菌药物的治疗效果。不同真菌菌株对抗真菌药物的敏感性差异较大应针对不同真菌菌株，选用有效的抗真菌药物治疗常用抗真菌药物有多烯类、三唑类及其他类。
多烯类抗真菌药，能与敏感真菌细胞膜上的固酶结合，破坏真菌细胞膜的通透性，影响真菌的代谢，从而起到抗真菌作用。二性霉素B，可用葡萄糖配成2～5mg/ml滴眼，高浓度刺激性大，应慎用。结膜下注射或静脉滴注，该药眼内通透性差可损害肾功能，结膜下注射易致结膜坏死。二性霉素溶液不稳定、怕光，应新鲜配制，放冰箱中可保存4天。
那他霉素广谱抗真菌药，可配成5％混悬液滴眼。每天不少于20次，巩膜炎或角巩膜炎愈合后，维持2～3周。近年文献报道采用那他霉素联合其他抗真菌药，效果更佳。