本病病原体种类很多，以柯萨奇A组病毒(1～6、8、10、22)、疱疹病毒、EB病毒较多见。劳累过度、过敏体质、气温突变、身体受凉等刺激，使身体免疫能力低下，易患此病。疱疹性咽峡炎是一种常见的传染性疾病，以婴幼儿患者最常见。
主要通过飞沫、唾液、及疱疹液直接接触传播。病毒自鼻咽、口腔侵入至呼吸道及消化道局部黏膜，在黏膜上皮细胞，以及咽部或肠壁淋巴组织居留和增殖。病毒由原发灶经淋巴通道扩散至局部淋巴结，或进入血循环产生病毒血症，到达全身各脏器，引发各种病变。
纯洁疱疹性咽峡炎是由纯洁疱疹性咽峡炎病毒感染引起，人体是其唯一宿主。当机体抵抗力降低时，促使本病出现。病理上风头为表皮内水疱、表皮坏死、多核上皮巨细胞、嗜酸性核内包涵体和中性白细胞及淋巴细胞炎症浸润；带状疱疹性咽峡炎则是由体内埋伏的水痘-带状疱疹病毒被激活后引起的。
疱疹性咽峡炎愈后良好，一般无并发症。部分病儿疱疹性咽峡炎反复发作，影响患儿的日常生活，危害患儿的身体健康，因此一定要及时治疗。
疱疹性咽峡炎是一种急性传染性、发热性疾病，是由许多A组柯萨奇病毒，偶尔也有其他肠道病毒所引起。其特点为疱疹性溃疡性粘膜损害。
临床特征为骤起高热伴有咽喉痛、头痛、厌食，并常有颈、腹和四肢疼痛。在婴儿常发生呕吐和惊厥。起病2日内口腔粘膜出现少数、小的(直径1~2mm)、灰白色疱疹，周围有红晕。多见于扁桃体前部，但也可位于软腭、扁桃体、悬雍垂、舌部等。在以后的24小时内水泡破溃变为浅溃疡，直径一般在5mm以下，1~5日内愈合。
疱疹性咽峡炎是一种特殊类型的感冒，病原体为柯萨奇A组病毒多发生在婴幼儿，以夏秋季最常见家长要鼓励患儿多饮冷开水或清凉饮料，喂绿豆稀饭、烂面条等清淡又容易消化的食物，少吃多餐
同时，要注意保持孩子个人和室内的卫生，尽量不带孩子去嘈杂的公共场所但家长必须注意的是，这种病起病急，孩子得病后体温迅速升高，容易导致高热抽搐如果孩子抽搐，在迅速送往医院的同时，家长可以掐住患儿的人中穴，不断呼喊患儿名字同时防止孩子在抽搐时咬伤舌头抱孩子的姿势一定要正确：首先要松开孩子的衣领，让头偏向一侧，这样才能保证孩子呼吸顺畅千万别仰头抱孩子，影响孩子呼吸据观察，疱疹性咽峡炎预后良好，经正规抗炎治疗一周左右即可治愈
根据急性发热起病，口腔有丘疹水疱性损害及培养出柯萨奇或埃可病毒，即可诊断。它与一些口腔有水疱的病毒性疾病鉴别。实验室检查白细胞增高。取咽部疱液或大便，经组织培养或接种于乳鼠可得致病病毒。此外，还可取急性期及恢复期血清进行特殊的中和抗体、补体结合或血凝抑制试验，以助确诊。
1、饮食上要注意保持清淡。要多喝温开水，多给孩子吃一些富含维生素的青菜、水果等。可取适量绿豆、苦瓜、薏米、大米等煮粥或汤，放凉后适量给患儿饮用。
2、尽可能少吃煎、炸类的油腻食品。
3、忌食刺激性食物，如酸、甜、辣、咸、热、硬等。尤其要注意不吃过热、过冷的食品，避免刺激口腔破溃部位引起疼痛。
1、注意口腔卫生，保持口腔清洁，可用淡盐水漱口。
2、用10％硝酸银涂于溃疡或用咽喉灵丹、冰硼散，以减轻咽痛症状。
3、口服维生素C及维生素B等。抗生素对病毒性咽炎无效，但如有发热，应给予抗菌药物治疗，以便控制继发性细菌感染。
4、如果诊断为疱疹病毒，应用抗病毒药加降火解毒消炎药。疱疹性咽峡炎多用更昔洛韦。